يقع المسجد بمنطقة السيدة نفيسة بالقرب من منطقة مصر القديمة وهو من أعرق المساجد بمحافظة القاهرة لاحتوائه على مقام السيدة "نفيسة بنت الحسن" وهى من أهل بيت رسول الله.

هو أحد أشهر مساجد "آل البيت" النبوي، التي ازدانت بهم أرض مصر، ويعد أول مسجد فى طريق يعرف بطريق أهل البيت، وهو طريق يضم عدة محطات مشرفة منها ، مشهد الإمام على زين العابدين، ومشهد السيدة زينب بنت الإمام علي، ومسجد السيدة سكينة بنت الحسين، والسيدة رقية بنت الإمام على بن أبى طالب، وسيدي محمد بن جعفر الصادق، والسيدة عاتكة عمة الرسول محمد عليه الصلاة والسلام .

وجاء فى خطط المقريزي، أن أول من بنى على قبر السيدة نفيسة، هو عبيد الله بن السري والى مصر، من قبل الدولة العباسية، ثم أعيد بناء الضريح فى عهد الدولة الفاطمية، وأضيفت له قبة، ودون تاريخ العمارة على لوح من الرخام، وضعت على باب الضريح، تبين اسم الخليفة الفاطمى المستنصر بالله وألقابه .

وأعيد تجديد هذه القبة فى عهد الخليفة الفاطمى الحافظ لدين الله، بعد أن حدثت فيها بعض التصدعات والشروخ، كما تم كساء المحراب بالرخام سنة 532هـ (1138 م)، إلى أن أمر السلطان الناصر محمد بن قلاوون أن يتولى نظارة المشهد النفيسي الخلفاء العباسيون .